自助申请入深户和选择代理机构申请入深户，虽然都是办理深户的方式，但二者之间的异同点却非常明显。
首先，自助申请入深户需要自己去户政中心办理相关手续，包括填写相关申请材料、进行身份验证、进行指纹注册等过程。而选择代理机构申请入深户，则是将这些手续交给代理机构进行代办，自己只需要提供相关身份证明、户口簿等资料即可。
其次，从申请的时间和成本来看，自助申请入深户的时间和成本相对较高，需要自己去户政中心排队办理，并且需要交纳落户体检费用。而选择代理机构申请入深户则可以省去排队的时间，但需要支付一定的代办费用。
第三，从申请资格来看，选择代理机构申请入深户并不是所有人都可以适用，只有在满足某些条件的情况下才可以。而自助申请入深户，则是任何有深圳市户籍的人都可以申请。
最后，对于选择哪种申请方式，要根据自身实际情况来评估。如果时间较为充裕、知识丰富、申请条件符合要求，且不想花费过多代办费用，那么选择自助申请入深户可能更为合适。而如果时间紧迫、对于申请入深户的相关规定不是非常了解，或者自身条件不符合要求，那么选择代理机构申请入深户可能更好一些。
总的来说，不管选择哪种申请方式，都需要仔细了解相关规定和流程，并根据自身实际情况进行适当的选择，才能更好地完成申请入深户的相关手续。