深圳市纳税人可以通过以下几种途径进行入户申请：
第一种，企业纳税人申请方式：
1. 企业法人或经办人在24小时自助终端或者网上办事大厅进行预约。
2. 提供符合条件的证明材料，包括近三年内的纳税证明、法人身份证明等，并缴纳相应的工本费和营业税。
3. 带着预约号码和相关证明材料前往户籍所在地的户籍管理机构办理入户手续。
第二种，个体工商户申请方式：
1. 个体工商户经营者在网上办事大厅进行预约。
2. 提供符合条件的证明材料，包括近三年内的纳税证明、身份证明等，并缴纳相应的工本费和营业税。
3. 带着预约号码和相关证明材料前往户籍所在地的户籍管理机构办理入户手续。
第三种，个人申请方式：
1. 个人在网上办事大厅进行预约。
2. 提供符合条件的证明材料，包括近三年内的纳税证明、身份证明等，并缴纳相应的工本费和营业税。
3. 带着预约号码和相关证明材料前往户籍所在地的户籍管理机构办理入户手续。
需要注意的是，以上申请方式均需要满足一定的条件方可申请。如果不满足条件只能通过积分入户的方式进行申请。
同时，代办深户的收费标准一般在1800-2000元之间。除了工本费之外，户籍管理中心不收取其他费用。
综上所述，深圳市纳税人可以通过预约、提供证明材料并缴纳相应费用的方式进行入户申请。如果不满足条件，只能通过积分入户的方式进行申请。申请人也可以选择代办深户，但需要注意收费标准和所需要提供的材料。