在办理深户的过程中，房产证问题也是需要注意的一个环节。首先需要知道的是，深户并不一定要有房产证，但是如果有房产证的话，还是需要注意以下几点。
一、办理深户前，房产证需要进行过户和备案。这是因为深圳有一项规定，即非本市户籍人员在深圳买房后，必须在购房的当地进行过户。同时，购房人还需要将房产证备案到深圳市房屋交易中心。如果不进行过户和备案的话，即使拥有房产证，也无法证明房屋的所有权。
二、房产证的名称需要与深户的申请人一致。如果房产证上的名字与申请深户的人不一致，需要进行补充证明材料的提供。
三、如果拥有的房产证上已经有多个人共同拥有，那么需要提供这些共同拥有人的身份证明和签署共同购房协议等文件。
四、如果购买的房屋为商品房，需要提供购房发票等相关材料。如果为二手房，则需要提供二手房交易过程的完整记录，以证明房屋交易的合法性。
总体来说，在办理深户时有房产证的情况下需要注意的主要是进行过户和备案，以及保证房产证名称与申请人一致。如果有共同拥有的情况，还需要提供相关证明材料。除此之外，还需要注意保证房屋交易的合法性，以避免产生不必要的麻烦。